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Nanostring核心技术主要有以下关键步骤：
首先Nanostring设计了两种类型的分子探针，一个是捕获探针，一个是报告探针。
捕获探针它是由于目标分子互补的序列组成的，报告探针会与目标分子的另外一端相应互补，并且带有一个荧光编码。当把要检测的生物样本准备好之后，与特定的探针结合，经过孵育之后就会与碳相应的目标分子进行杂交，这个过程很快就能完成。
为了去除没有结合的探针和非特性的背景信号，会执行洗涤的步骤，仅保留下来杂交复合物。
Nanostring分析系统采用这个数字技术方法，每个杂交形成的复合物都被固定在片上不同的空间位置，然后通过数字扫描仪读取报告探针上的荧光编码，计算出每个特定的序列被检测到的次数，这种数字技术避免了QPCR之类需要扩增的步骤从而大大减少了引入的偏差或者不确定的可能性。
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